Zagrożenia środowiska leśnego można podzielić na trzy zasadnicze grupy: abiotyczne, biotyczne i antropogeniczne.
Z grupy zagrożeń abiotycznych na omawianym terenie największe znaczenie mają silne, wywalające wiatry, niskie temperatury, przymrozki wczesne i późne, okiść oraz okresowo występujące susze. Spośród czynników biotycznych największym zagrożeniem dla lasów Nadleśnictwa Kościerzyna mogą być gradacje wtórnych szkodników owadzich, występowanie grzybów pasożytniczych oraz zagrożenie ze strony ssaków roślinożernych.

Nadleśnictwo Kościerzyna pod względem występowania szkodników pierwotnych sosny zostało zaliczone przez ZOL do często atakowanych, choć zabiegi ochronne nie zawsze były wykonywane w pierwszym roku gradacji już rozwiniętej w innych nadleśnictwach RDLP Gdańsk. W dotychczasowej historii nadleśnictwa najwięcej zabiegów przeprowadzono w stosunku do brudnicy mniszki. Kolejnym groźnym szkodnikiem pierwotnym okazała się strzygonia choinówka – występowała ona w towarzystwie brudnicy mniszki, ale także samodzielnie. Istotne znaczenie ma także barczatka sosnówka. Są to 3 najważniejsze gatunki szkodników pierwotnych.

Wśród szkodników wtórnych sosny największe znaczenie ma przypłaszczek granatek. W szczególności po długotrwałej suszy w drugiej połowie roku należy się spodziewać wyraźnego wzrostu jego liczebności i wzrostu znaczenia w wydzielaniu się posuszu sosnowego. Na gruntach porolnych stwierdzono występowanie smolika drągowinowca, niekiedy powodującego grupowe wydzielania posuszu. Powierzchnia występowania kornika drukarza zmniejsza się sukcesywnie wraz z ubywaniem świerka z drzewostanów (zamieranie, przebudowa drzewostanów).

Spośród szkodników nękających należy wymienić szeliniaka oraz rozwałka korowca. Z grzybów pasożytniczych najgroźniejszym jest korzeniowiec wieloletni, występujący przeważnie w drzewostanach na gruntach porolnych a także opieńka. Z innych patogenów grzybowych wymienić należy: zamieranie pędów sosny, rak modrzewia oraz osutki sosny. Inne choroby jak zamieranie jesionu, olszy występują na minimalnych powierzchniach. Duże znaczenie mają również ssaki roślinożerne. Uszkodzenia w postaci spałowania i zgryzania upraw i młodników występują dość często i mają bezpośredni wpływ na jakość hodowlaną drzewostanów.

Z czynników antropogenicznych lasom tutejszym zagrażają: zanieczyszczenia powietrza, wód i gleb, niewłaściwa gospodarka odpadami, pożary oraz zagrożenia wynikające z bezpośredniego negatywnego oddziaływania człowieka na lasy.
Uciążliwym problemem dla Nadleśnictwa jest zaśmiecanie lasów, szczególnie przy drogach publicznych, oraz wywożenie śmieci do lasu i tworzenie „dzikich wysypisk ”.